ב-Shopify App Store אפשר למצוא אלפי אפליקציות בקטגוריות כמו מטא-שדות, משלוחים, שיווק, ניהול מלאי, CRM, ביקורות, תוכניות נאמנות ועוד. כל אפליקציה שמפורסמת בחנות עברה סקירה של Shopify, ולאפליקציות שעומדות בתקן מחמיר יותר מוענק תג "Built for Shopify". ההתקנה מתבצעת דרך זרימת OAuth מאובטחת ישירות מהאדמין.
בחנות ישראלית כדאי לסנן אפליקציות לפי תמיכה ב-RTL, לבדוק אם יש תיעוד או תמיכה בעברית, ולשים לב לעלות חודשית בדולר שמתורגמת לשקלים. לפני התקנה, בדקו בדיוק אילו scopes האפליקציה מבקשת — אפליקציה לניהול מטא-שדות לא אמורה לבקש גישה לפרטי לקוחות מלאים. התקנת אפליקציות רבות מדי ללא ניהול עלולה להאט את זמני הטעינה של החנות.