האפליקציות האלה מובחנות באייקון מיוחד ב-App Store ('Made by Shopify'), והן בדרך כלל חינמיות או במחיר נמוך. הן עברו אינטגרציה עמוקה ויש להן אמינות גבוהה — בניגוד לאפליקציות צד-שלישי שתלויות במפתח עצמאי שיכול להפסיק תחזוקה.

בישראל כדאי להעדיף Shopify apps כשיש חלופה — Shopify Email לפני Klaviyo בחנות קטנה, Shopify Inbox לפני Tidio, Shopify Flow לפני Zapier. רק כשהפיצ'ר הספציפי לא קיים — לעבור לצד-שלישי.