כשפעיל 2FA מבוסס אפליקציה, ניסיון כניסה ל-Admin מהמחשב גורר prompt בטלפון: 'מישהו מנסה להתחבר. האם זה אתה?'. הסוחר מקיש 'Approve' בטלפון, וההתחברות מתבצעת. זה האימות הקל ביותר וגם הבטוח — אין סיכון של SMS שנגנב.

בישראל ההמלצה החזקה: להפעיל את האפשרות הזו במקום SMS code. דורש את אפליקציית Shopify mobile מותקנת בטלפון, התחברות פעם אחת, ואחר כך כל אישור הוא tap בלבד.