כשמפעילים אימות דו-שלבי בחשבון Shopify, כל כניסה חדשה דורשת גם קוד OTP (One-Time Password) שנוצר באפליקציית אימות כמו Google Authenticator או Authy, או נשלח כ-SMS. גם אם תוקף השיג את הסיסמה — בלי הגישה לטלפון הוא לא יוכל להיכנס. Shopify מאפשרת לאכוף אימות דו-שלבי על כל חברי הצוות מתוך Settings → Permissions.
בהקשר של שימוש לא מורשה בחשבון, האימות הדו-שלבי הוא קו ההגנה הראשון גם על תיבת המייל עצמה — אם לתוקף יש גישה לאימייל המחובר לחנות שופיפיי, הוא יכול לאפס סיסמה ולהשתלט על החנות. לכן מומלץ להפעיל 2FA גם בספק האימייל (Google Workspace, Gmail, Outlook) ולא רק ב-Shopify Admin.