ב-Shopify ניתן לאכוף 2FA על כל חברי הצוות (Staff) מתוך Settings → Users. כשמשתמש מנסה להיכנס, לאחר הסיסמה הוא נדרש להזין קוד חד-פעמי (TOTP) שמתחדש כל 30 שניות ומיוצר על ידי אפליקציית authenticator. ללא הקוד — הכניסה נחסמת גם אם הסיסמה נכונה, מה שמנטרל מתקפות phishing ו-credential stuffing.
לחנויות ישראליות ההמלצה היא להשתמש ב-Authenticator app (Google Authenticator, Authy, או 1Password) ולא ב-SMS. SMS חשוף למתקפת SIM swap — תקיפה שבה התוקף משכנע את חברת הסלולר להעביר את המספר אליו. בחנויות עם צוות מרובה עובדים, שווה לתעד את קודי הגיבוי (backup codes) של כל משתמש במנהל סיסמאות מרכזי, כדי שנעילה מחשבון לא תשבית גישה לחנות בזמן אמת.