ספירת מלאי ב-Stocky מתבצעת כך: יוצרים אירוע ספירה חדש, בוחרים קולקציה או ספק לספור, ומזינים כמויות בפועל — ידנית או עם סורק ברקודים. בסיום Stocky משווה את הספירה הפיזית מול המלאי הרשום במערכת ומציג חריגות. מאשרים את ההתאמה, והמלאי ב-Shopify מתעדכן אוטומטית לפי המספרים האמיתיים.
בחנויות ישראליות עם POS Pro שמפעילות מספר סניפים, חשוב לבצע ספירות מלאי נפרדות לכל location — Stocky מאפשר זאת. מומלץ לתזמן ספירות קבועות בסוף עונה או לפני קמפיין מכירות גדול (כמו בלאק פריידיי), ולא רק בסוף שנה חשבונאית, כדי לוודא שהמלאי המוצג ללקוחות אונליין משקף מציאות ומונע מכירת מוצרים שאזלו.