ב-Shopify, העברות מלאי מנוהלות דרך אפליקציית Stocky שמיועדת לחנויות עם POS Pro ומספר מיקומים פעילים. כל העברה יוצרת מסמך עם רשימת פריטים, מיקום מקור, מיקום יעד וסטטוס (ממתין, בדרך, התקבל). ברגע שמסמנים העברה כ"התקבלה" במיקום היעד, Shopify מקזזת את הכמות מהמקור ומוסיפה אותה ליעד — בלי צורך בהתאמה ידנית של המלאי.
בחנות ישראלית עם מספר סניפים או שילוב של חנות פיזית ומחסן, העברות מלאי הן הדרך למנוע מצב שבו אותו SKU מופיע כ"אזל" באונליין בגלל שכל היחידות נמצאות בסניף ולא עודכנו. כדאי להגדיר מיקומים מדויקים ב-Shopify Admin לפני שמתחילים בהעברות, כי שינוי מיקומים בדיעבד עלול לייצר אי-התאמות בדוחות מלאי.