כל חנות שופיפיי יכולה להכיל מספר מיקומים, וכל מיקום מקבל מלאי עצמאי, יכולת מילוי הזמנות עצמאית, וטרמינל POS משלו. כשמגדירים פרופיל משלוח, אפשר לשייך כל מיקום לשיטות משלוח שונות — מה שמאפשר לשלוח פריט מהסניף הקרוב ביותר ללקוח ולא בהכרח מהמחסן הראשי. הגדרת המיקום גם קובעת את כתובת השולח על תווית המשלוח.
בחנות ישראלית עם POS, מיקום החנות הוא גם הנקודה שאליה מחובר הטרמינל (כמו iZettle או כרטיסיה ישראלית תואמת), ולכן חשוב שהכתובת תהיה מדויקת לצורך דיווח מס ופנקס תנועות. אם מנהלים גם מלאי במחסן וגם POS בחנות פיזית — כדאי ליצור שני מיקומים נפרדים ולהגדיר העברות מלאי בין מיקומים כדי שהספירות יישארו מסונכרנות.