ב-Shopify כל וריאציה (SKU) מקבלת רמת מלאי נפרדת לכל Location (מיקום) שהחנות מגדירה — מחסן, חנות פיזית, dropshipper חיצוני. כשהזמנה נכנסת, Shopify מקצה ממלאי המיקום הרלוונטי ומעדכנת את ה-Available quantity בזמן אמת. אפשר גם להגדיר Continue selling when out of stock, מה שמאפשר מכירות backorder, או לחסום את המכירה ולהציג "אזל מהמלאי".
בחנות ישראלית שעובדת עם ספקים מקומיים או עם dropshipping, ניהול מלאי מדויק הוא קריטי: Shopify לא מסנכרנת מלאי אוטומטית עם ספק חיצוני אלא אם מותקנת אפליקציה ייעודית או שנעשית אינטגרציה ב-Inventory API. כדאי גם להגדיר התראות מלאי נמוך דרך אפליקציה, כי Shopify Admin עצמה לא שולחת התראה כזו מובנית.