אפליקציות צד שלישי מתחברות לחנות דרך OAuth, מקבלות access token עם scopes מוגדרים, ויכולות להרחיב כמעט כל חלק של שופיפיי — קטלוג, הזמנות, חשבונות לקוח, Checkout, POS, ועוד. הן יכולות להיות embedded (מוטמעות באדמין דרך App Bridge) או external (ממשק נפרד לחלוטין). האחריות על אבטחת הנתונים, זמינות השרת ועמידה ב-GDPR מוטלת על המפתח החיצוני, לא על Shopify.
בהקשר של Shopify POS, אפליקציות צד שלישי יכולות להופיע כאריחים ב-Smart grid של מסך הבית — למשל אפליקציית נאמנות לקוחות, מערכת הנחות מיוחדת או כלי סריקה. כשמוסיפים אריח לאפליקציה עם מספר פעולות (למשל: "פדה נקודות" לעומת "הצג יתרה"), חשוב לבחור את הפעולה הנכונה לצוות הקופה — לא רק להוסיף את האפליקציה בכלליות.