TLS (Transport Layer Security) הוא הפרוטוקול שעומד מאחורי ה-HTTPS בכתובת החנות — הוא מצפין את כל הנתונים שעוברים בין הלקוח לשרת ומבטיח שאף גורם שלישי לא יכול לקרוא או לשנות אותם בדרך. Shopify מנפיקה תעודות TLS אוטומטית לכל דומיין מחובר: כתובות `.myshopify.com`, דומיינים שנרכשו דרך שופיפיי, דומיינים שהועברו לניהול שופיפיי, ודומיינים של צד שלישי שה-A record וה-CNAME שלהם מצביעים נכון לשרתי שופיפיי.
בחנות ישראלית שמחוברת לדומיין `.co.il` או `.com` חיצוני, התעודה תונפק רק לאחר שרשומות ה-DNS עודכנו נכון אצל ספק הדומיין. שגיאת "תעודה לא תקפה" בדפדפן היא כמעט תמיד תוצאה של A record שעדיין מצביע לשרת ישן, או CNAME שחסר. חשוב לבדוק את סטטוס התעודה ב-Shopify Admin תחת Domains לאחר כל שינוי DNS, ולהמתין עד 48 שעות להפצת הרשומות.