ניתן לחבר דומיין מותאם אישית לחנות שופיפיי בשלוש דרכים: לקנות אותו ישירות דרך האדמין (Shopify מנהלת הכל, כולל חידוש), להעביר דומיין קיים לשופיפיי (transfer), או לחבר דומיין צד שלישי על ידי עדכון רשומות ה-DNS אצל הספק הנוכחי — בדרך כלל רשומת CNAME ל-`shops.myshopify.com` ורשומת A לכתובת IP של Shopify. בכל מקרה, כתובת ה-`myshopify.com` המקורית נשארת פעילה ברקע לצורכי מנהל.
בישראל רוב החנויות עובדות עם דומיינים `.co.il` שנרכשים אצל ספקים כמו GoDaddy, 101domains או Namecheap — שופיפיי לא מוכרת דומיינים ישראליים ישירות. במקרה כזה צריך לעדכן DNS ידנית, ולוודא שה-SSL מופעל אוטומטית (שופיפיי מנפיקה תעודה תוך עד 48 שעות לאחר חיבור תקין). חשוב לבדוק שהדומיין הראשי (primary domain) מוגדר ל-`www.example.co.il` ולא לגרסת ה-bare domain, כדי למנוע בעיות הפניה.