ב-Shopify ניתן להפעיל מעקב מלאי ברמת הוריאנט (variant) לכל מיקום (location) בנפרד. כשמלאי פעיל, המערכת מעדכנת אוטומטית את הכמות עם כל מכירה, החזרה או העברה. את ההתאמה הידנית — כשיש פער בין הכמות הרשומה לבין מה שיש פיזית — עושים דרך Inventory adjustment: מזינים את הסיבה (נזק, גניבה, ספירת מחסן), ושופיפיי שומרת את יומן השינויים לצורך ביקורת.
בחנויות ישראליות שמפעילות גם Shopify POS וגם חנות אונליין, המלאי משותף בין הערוצים — מכירה בקופה הפיזית מורידה מלאי מאותו מיקום בדיוק כמו מכירה אונליין. לכן חשוב להגדיר locations נפרדים למחסן ולנקודת המכירה, ולהריץ ספירות מלאי תקופתיות (cycle counts) דרך כלי Stocky או ישירות מ-Admin כדי לזהות סטיות לפני שהן הופכות לחוסרים בעמוד המוצר.