כל חנות שופיפיי מגיעה עם מיקום ברירת מחדל אחד, ואפשר להוסיף מיקומים נוספים בהתאם לתוכנית. כל מיקום מקבל מלאי עצמאי, ויכול לשמש כנקודת מוצא למשלוחים, כנקודת איסוף עצמי ללקוחות, וכנקודת מכירה פיזית דרך Shopify POS. הזמנות ניתן לנתב לעיבוד במיקום הרלוונטי בהתאם לזמינות מלאי וכללי משלוח.
בחנויות עם כמה סניפים בישראל — למשל רשת בגדים עם חנויות בתל אביב, ירושלים וחיפה — חשוב לנהל הרשאות צוות ברמת מיקום: עובד POS ייגרם נזק אם יש לו גישה בטעות למלאי של סניף אחר. דרך Admin → Point of Sale → Staff אפשר לסנן עובדים לפי Location ולוודא שכל עובד מחובר רק למיקום שלו.