Shopify מנפיק התראות חשבון לכמה ערוצים: באנר באדמין, אימייל לבעל החשבון, ו-push notification באפליקציית הנייד. אירועים שגוררים התראה כוללים: חיוב כרטיס שנכשל, אפליקציה שלא מוסכמת חדשה מבקשת הרשאות, ניסיון התחברות ממכשיר חדש, ועדכוני מדיניות של Shopify.

בחנות עם כמה משתמשי צוות חשוב להגדיר אילו התראות מקבלים אילו בעלי תפקיד. בעל החנות צריך לקבל הכל, אבל איש שיווק לא צריך לקבל בעיות חיוב או עדכוני אבטחה. ההגדרה תחת Settings → Notifications → Staff.