תחת Products → Inventory לכל מוצר/וריאציה רואים את ה-On hand (פיזי במלאי), Available (זמין למכירה אחרי ניכוי הזמנות פתוחות), ו-Committed (משוריין להזמנות). פעולת Adjust מאפשרת לשנות את ה-On hand עם רישום סיבה: ספירה, החזר, נזק, איבוד, הקצאה ידנית.
בחנות עם מלאי במספר מיקומים חשוב להתאים את הכמות במיקום הספציפי, לא בכמות הכוללת. בעדכון רוחבי (Bulk inventory adjustment) דרך CSV יש סיכון לטעות גדולה — תמיד לעשות גיבוי לפני העלאת קובץ. ניהול ABC מסייע להחליט במה לשים מלאי במיקום מרכזי לעומת מיקום שני.