במהלך Checkout, לקוח שיש לו חשבון Amazon לוחץ על כפתור Amazon Pay, מתחבר לחשבונו, ובוחר כרטיס וכתובת ששמורים אצל Amazon. Shopify מקבלת את הפרטים ומשלימה את ההזמנה. ההיתרון: צמצום שדות, נוחות, ואמון של Amazon כמותג.

בישראל Amazon Pay זמין אבל פחות פופולרי — חלק מהלקוחות בארץ אין להם חשבון Amazon. שווה להפעיל לחנויות שמוכרות לקהל בינלאומי שכן מוקטל באמזון. עמלת Amazon Pay היא 2.9% + 30¢ — דומה לכרטיס אשראי רגיל.