ליצירת החשבון נכנסים ל-Amazon Pay Seller Central, ממלאים פרטי עסק (שם, מס׳ עוסק, חשבון בנק), עוברים אימות KYC, ומקבלים אישור תוך 1-3 ימי עסקים. אחרי האישור מחברים את החשבון לחנות Shopify דרך הגדרות התשלום.
בישראל יצירת חשבון Amazon Payments דורשת עסק רשום ופרטי בנק לחשבון USD או EUR. אם החנות מוכרת רק בש״ח, ה-ROI לא תמיד מצדיק את הטרחה. בחנות שמוכרת גם בחו״ל זה כן שווה — Amazon Pay מוכר ומאמין יותר מ-PayPal בקרב חלק מהקהלים.