Shopify מספקת מספר APIs: Admin API (REST + GraphQL) לעבודה עם נתוני האדמין, Storefront API לקריאת קטלוג ועגלה מצד הלקוח, Customer Account API לנתוני חשבון לקוח, ו-Partner API לפיתוח שותפים. כל API מצמצם את מה שאפליקציה יכולה לעשות ל-scope שהוגדרו לה ב-OAuth.
בחנות ישראלית עם אפליקציות מותקנות, רוב התקשורת קורה דרך API ברקע: אפליקציית סנכרון של ספק שילוח, אפליקציית הנהלת חשבונות, מערכת CRM — כל אחת קוראת API של שופיפיי. כשמשהו לא מתסנכרן, צריך לבדוק את ה-API logs של האפליקציה הספציפית כדי לראות מה נכשל.