ב-Shopify App Store יש 8,000+ אפליקציות לקטגוריות שונות. רוב החנויות משתמשות ב-10-30 אפליקציות, כל אחת לפיצ׳ר ספציפי. ההתקנה זריזה (פחות מ-5 דקות), והחיוב משולב באוטומציה דרך Shopify. אפליקציות חינמיות לרוב מתאימות לחנויות קטנות, בתשלום נחוצות יותר ככל שהחנות גדלה.
בחנות ישראלית כדאי לזכור: כל אפליקציה מאטה את החנות במידה מסוימת ויוצרת תלות. ההמלצה היא 'מעט ואיכותי' — לבחור בקפידה ולסקור פעם ברבעון אם כל אחת עדיין שווה את העלות. חנות עם 50 אפליקציות בלי סקירה הופכת לבלגן.