כשמסירים אפליקציה מ-Shopify Admin, החיוב החוזר שלה מבוטל אוטומטית — אבל זה לא אומר שהיא נעלמת לחלוטין. אפליקציות שהזריקו קוד ישירות ל-`theme.liquid` (בשיטה הישנה, לפני theme app extensions) משאירות שאריות סקריפטים שמאטות את החנות ולעיתים שוברות פונקציות. בנוסף, מטא-שדות שהאפליקציה יצרה נשארים על המוצרים/לקוחות גם לאחר ההסרה ועלולים לבלבל אפליקציות עתידיות.
בחנות ישראלית כדאי לעקוב אחר רצף ברור לפני הסרה: לייצא נתונים שהאפליקציה ניהלה (אם רלוונטי), לבדוק אם היא מחוברת לווובהוקים פעילים, לבדוק את קוד התבנית לשאריות קוד, ולוודא שאין Flow automations שתלויות בה. רק אחרי כל אלה כדאי ללחוץ "הסר".