Shopify מציעה אפליקציות רשמיות שמשתלבות עמוק יותר עם הליבה ומקבלות עדכונים תכופים. הן לרוב חינמיות לתוכניות בסיסיות. דוגמאות: Shopify Email (שליחת אימייל שיווקי), Shopify Flow (אוטומציה), Translate & Adapt (תרגום), Shop Channel (חיבור לאפליקציית Shop של לקוחות).
בחנות ישראלית כדאי להתחיל מ-Apps made by Shopify לפני שמחפשים חלופות בתשלום. למשל לפני שמתקינים Klaviyo ב-$45/חודש, לבדוק אם Shopify Email החינמי מספיק לכמויות שלכם. שילוב אפליקציות רשמיות יחד עם 2-3 אפליקציות צד-שלישי נבחרות הוא המודל הבריא.