Shopify מעדכנת את הליבה שלה כל הזמן — תיקוני באג, פיצ׳רים חדשים, שיפורי אבטחה — בלי שהסוחר נדרש להתערב. אפליקציות מעדכנות את עצמן ברקע, ובדרך כלל בלי לפגוע בפעילות. תבניות עם Theme app extensions מתעדכנות גם הן.

החסרון: לפעמים עדכון של אפליקציה משבר משהו בחנות. ההמלצה לחנות ישראלית: לעקוב אחרי App errors תחת Apps → רשימה. אם משהו נשבר אחרי עדכון, להחזיר לגרסה ישנה (Rollback) באפליקציה זמינה לפעמים, אחרת ליצור פנייה לתמיכה.