Shopify Plus מציעה B2B מובנה: ניתן לקבוע חברה כלקוח, להגדיר מחירונים שונים לחברות שונות (Catalog), לאפשר תשלום ב-NET 30 (חשבונית בהמשך), ולנהל מסי קנייה אחרת מ-B2C. ב-Basic/Advanced יש פתרונות חלקיים דרך אפליקציות (Wholesale Club, B2B Wholesale).

בחנות ישראלית B2B דורשת תכנון: רישום עוסק מורשה של לקוחות, פטור ממע״מ בייצוא, חשבוניות הנהלת חשבונות שונות (חשבונית מס לעומת חשבונית עיסקה). שופיפיי לא יודעת כל הניואנסים המקומיים — שווה לעבוד עם יועץ מס לפני השקת B2B.