ב-Plus B2B אפשר לבנות workflows ב-Shopify Flow לטיפול בתהליכים: 'כשלקוח B2B חדש נרשם, שלח מייל לצוות לאישור', 'כשהזמנה B2B עברה NET 30 ימים והחשבונית לא שולמה, סמן כ-overdue ושלח תזכורת ללקוח'. שופיפיי מציעה template workflows ל-B2B כדי לחסוך זמן.

בחנות ישראלית עם תפעול B2B חשוב לבנות workflow למעקב חשבוניות פתוחות. סוחר בלי workflow כזה לרוב מאבד מעקב אחרי לקוחות שמתעכבים בתשלום. אוטומציה של תזכורות, סימון חוב, והעברה לסטטוס 'דורש טיפול ידני' — חוסך אובדן רב של כסף.