כדי להפעיל Shopify Payments ולקבל העברות לחנות, הסוחר מזין פרטי חשבון בנק — IBAN או מספר חשבון מקומי, מספר ניתוב ושם בעל החשבון — שחייבים להתאים למדינה ולמטבע שהוגדרו בחשבון. Shopify מוודאת שהחשבון שייך לאותה ישות עסקית שאושרה בתהליך KYC (אימות זהות עסקית) לפני שמאשרים payout ראשון.
נכון להיום Shopify Payments אינו זמין לחנויות שמדינת ההתאגדות שלהן היא ישראל, ולכן סוחרים ישראלים נדרשים לספקי סליקה חיצוניים (כמו פאי, טרנזילה, Stripe דרך ישות זרה). עם זאת, אם חנות ישראלית פועלת תחת ישות משפטית במדינה שתומכת ב-Shopify Payments — כגון בריטניה, גרמניה או ארה"ב — פרטי חשבון הבנק של אותה ישות הם שיוזנו בהגדרות.