חנות האפליקציות של Shopify מכילה אלפי אפליקציות, וממשק ה-Browse apps מארגן אותן לקטגוריות כדי לאפשר גילוי קל גם כשהסוחר לא יודע בדיוק מה הוא מחפש. הניווט נגיש ישירות מתוך ה-Shopify Admin תחת Apps → Browse apps, ומציג גם אוספים מובחרים (Built for Shopify, Staff picks) לצד חיפוש חופשי לפי מילת מפתח.
בחנות ישראלית כדאי לסנן אפליקציות לפי מאפיין "Built for Shopify" כדי להבטיח תמיכה ב-Online Store 2.0, ולקרוא ביקורות באנגלית שמזכירות תמיכה ב-RTL, עברית או ₪ לפני ההתקנה. אפליקציה שנראית מושלמת בתיאור עלולה להציג ממשק LTR בלבד ולשבור את עיצוב החנות.