כל חנות Shopify מקושרת לישות עסקית אחת או יותר — יכולה להיות עוסק מורשה, חברה בע"מ, שותפות, או ישות בינלאומית. ה-business entity קובעת מי הבעלים החוקי של החשבון לצרכי חיוב, מי חתום על תנאי השימוש, ואיזה מסמכים Shopify עשויה לדרוש לצורך KYC (אימות לקוח) — במיוחד כשמפעילים Shopify Payments או מגדילים מחזור.
בישראל, הגדרה נכונה של ה-business entity רלוונטית במיוחד לחנויות שמשתמשות ב-Shopify Payments או נמצאות בתהליך הרחבה לשווקים בינלאומיים: Shopify עשויה לבקש תעודת התאגדות, אישור ניהול ספרים, או פרטי חשבון בנק עסקי. אי-התאמה בין הישות הרשומה בחנות לבין פרטי הסליקה עלולה לגרום להקפאה זמנית של תשלומים.