תחת Settings → Billing ניתן לראות את ההיסטוריה המלאה של החשבוניות, את פירוט החיובים הבאים (תוכנית, אפליקציות, עמלות עסקאות), ולעדכן את אמצעי התשלום. Shopify מחייבת את הכרטיס אחת לחודש ביום החיוב שנקבע בעת ההרשמה — אפליקציות עם חיוב שימוש (usage charges) נוספות לאותה חשבונית חודשית ולא מחויבות בנפרד.
בחנות ישראלית כדאי לשים לב לשני דברים: ראשית, Shopify מחייבת בדולר אמריקאי גם אם מטבע החנות הוא ש"ח — השער בעת החיוב משפיע על עלות בפועל, ולכן כדאי לנהל ציפיות תקציביות בהתאם. שנית, חשבוניות ה-Billing של Shopify לא תמיד עומדות בדרישות חוק חשבוניות ישראלי — יש לנהל חשבוניות מס נפרדות על ההכנסות מהחנות דרך מערכת הנהלת חשבונות מקומית.