ב-Shopify POS, תשלום מזומן מופעל כאמצעי תשלום נפרד מכרטיסי אשראי. הקופאי מזין את הסכום שהתקבל, המערכת מחשבת את העודף המדויק ומציגה אותו על המסך, וה-transaction נרשם אוטומטית בדוחות המכירות. הסכומים משתקפים גם ב-Cash tracking — מעקב אחר מלאי המזומן בקופה לאורך המשמרת.
בישראל תשלום מזומן ב-POS מקבל חשיבות נוספת בגלל חוק הגבלת השימוש במזומן: עסקאות מעל תקרה מסוימת בין עוסק ללקוח פרטי אסורות במזומן לפי חוק. בנוסף, כאשר מופעל עיגול מזומן (Cash rounding) לאגורות, Shopify מתאים את סכום החיוב בתשלום מזומן בלבד — לא בכרטיס אשראי — ומציג את ההפרש בקבלה ובדוחות.