ב-Shopify ניתן לבצע החזר מלא או חלקי על כל הזמנה: בוחרים אילו פריטים מוחזרים, האם להחזיר את עלות המשלוח, והאם להחזיר את המלאי למחסן. ההחזר הפיננסי נשלח בחזרה דרך אמצעי התשלום המקורי (כרטיס אשראי, Bit, וכו׳) אם הסליקה תומכת בזה, או לחלופין ניתן לרשום החזר ידני. הרישום מתעדכן אוטומטית ב-Orders, ב-Analytics ובדוח Net Sales.
בחנות פיזית ישראלית שעובדת עם Shopify POS, החזרים מופיעים בנפרד בדוחות ומורידים את סך המכירות הנטו. חשוב לוודא שמדיניות ההחזרים עומדת בחוק הגנת הצרכן הישראלי (14 יום לביטול עסקה מרחוק), ושהקופאים מכירים את תהליך ה-Refund ב-POS — טעות שכיחה היא לרשום החזר ידני בלי להחזיר מלאי, מה שיוצר אי-התאמה בין המערכת למצב בפועל.