כשחנות פועלת ממספר מיקומי מלאי (מחסן ראשי + חנות פיזית, או שני מחסנים), Shopify ממנה אוטומטית את ההזמנה למיקום הקרוב או שיש מלאי. אם רוצים לשנות — לדוגמה המחסן הראשי עומס היום, להעביר ל-מחסן משני — Change fulfillment location עושה זאת בלחיצה.
בחנות ישראלית עם 2+ מיקומים, ההמלצה: לבדוק יומי את חלוקת ההזמנות. אם מחסן אחד מקבל 80% מההזמנות בזמן שלשני יש מלאי, יש בעיה ב-Order routing rules. תיקון הכללים מקצר זמני משלוח ומאזן עומס.