ב-Shopify POS כל עובד מזדהה עם PIN אישי שמאפשר לו לפתוח סשן קופה, לאשר עסקאות ולגשת להרשאות המוגדרות לתפקידו. שינוי ה-PIN נעשה ישירות מתוך האפליקציה: פתיחת Menu (תפריט) ← Settings (הגדרות) ← בחירת פרופיל העובד ← Change PIN. התהליך מחייב את העובד להיות מחובר כבר עם ה-PIN הנוכחי שלו.
בחנויות פיזיות ישראליות שמפעילות מספר עמדות POS כדאי לנהל מדיניות ברורה לגבי תדירות החלפת PIN, במיוחד לאחר עזיבת עובד. מנהל החנות יכול לאפס PIN של עובד גם מתוך Shopify Admin מבלי שהעובד עצמו נוכח — כך שאין תלות בעובד שכבר עזב כדי לנעול גישה לקופה.