שינוי כמויות יכול להיות כניסת מלאי חדש, תיקון שגיאת ספירה, הפחתה בגלל פריט פגום, או איזון בין שני מיקומי מחסן. ב-Shopify ניתן לבצע שינוי כמות בודד ישירות בדף המוצר תחת Inventory, או לבצע עדכון מרובה עם קובץ CSV. כל שינוי נרשם ב-Inventory history עם תאריך, סיבה (reason) וזהות המשתמש שביצע אותו — מה שמאפשר ביקורת בדיעבד.
בחנויות ישראליות עם נקודות מכירה פיזיות (Shopify POS), שינוי כמויות הוא קריטי לאחר ספירת מלאי תקופתית — תהליך שנקרא stock take. חשוב להגדיר מראש איזה מיקום (location) מתעדכן, כי שינוי במחסן הראשי לא יתגלגל אוטומטית לנקודת המכירה ולהפך. שימוש ב-Stocky (האפליקציה המובנית לניהול מלאי) מפשט את תהליך הספירה וייבוא התוצאות.