ב-Settings → Taxes ניתן להגדיר: לכל מדינה — שיעור מס, האם המס כלול במחיר המוצר (Inclusive) או נוסף לו (Exclusive), והאם מוצרים מסוימים פטורים. שופיפיי תומכת ב-Shopify Tax (אוטומציה מלאה) או הגדרות ידניות.
בחנות ישראלית: מע״מ 17% חל על מכירות לתושבי ישראל, 0% מע״מ על ייצוא. אם המחיר ב-Online store כולל מע״מ (Inclusive, מקובל בישראל), כשמוכרים לחו״ל המע״מ מנוכה אוטומטית. בעת השקה — לבדוק שכל המוצרים מסומנים נכון.