ב-Shopify ניתן להגדיר עד ארבע סכמות צבע, שכל אחת מכילה שילוב של צבע רקע, צבע טקסט, Accent colors (צבעי הדגשה לקישורים ורכיבים אינטראקטיביים) ו-Brand colors (לכפתורים ראשיים ומשניים). כשמגדירים סכמה אחת, אפשר להחיל אותה על Header, Footer, בלוק פרסומי, או כל Section בנפרד — כך שכל אזור בדף מקבל מראה עצמאי תוך שמירה על עקביות מותגית.
בחנות עברית עם RTL, סכמות הצבע לא משנות כיוון — אבל הן כן משפיעות על קריאות: ודאו שיחסי הניגודיות (contrast ratio) בכל סכמה עומדים בתקן WCAG AA, במיוחד בצבעי הדגשה שמשמשים ל-hover על קישורים. תבניות מסוימות חושפות את ה-Color schemes גם ב-Branding editor של Checkout Blocks, כך שאפשר לאחד את פלטת הקופה עם פלטת החנות.