עורך המיתוג נשען על Checkout Branding API ומרכז את כל ההחלטות הוויזואליות של תהליך התשלום במקום אחד. בניגוד לתבנית הראשית של החנות שנערכת ב-Online Store editor, הקופה ב-Shopify היא רכיב נפרד עם מערכת עיצוב משלה — לכן דרושה ממשק נפרד לשנות בה צבעי כפתורים, גופנים, תמונות רקע ועיגול פינות. גישה לכלי הזה מחייבת מנוי Shopify Plus.
בחנות ישראלית עורך המיתוג הוא גם ההזדמנות לוודא שגופן ה-Checkout תומך בעברית — לא כל גופן Google Font מכסה Unicode עברי. בנוסף, כדאי לבדוק שצבעי הכפתורים עומדים ביחס ניגודיות WCAG מינימלי, כי גם בקופה ישנם דרישות נגישות. שינויים בעורך המיתוג חלים גם על עמודי ה-Accounts החדשים (Customer Accounts) ולא רק על ה-Checkout.