ב-Shopify מערכת הצבעים מחולקת לשתי שכבות: Global colors הם הגדרות הבסיס — גוונים, גרסאות בהירות/כהות — ומעליהם נבנות Color schemes (סכמות צבע) שמשמשות אזורים שונים בחנות. בתוך ה-Global colors מבדיל Shopify בין Accent colors, המיועדים לרכיבים אינטראקטיביים כמו קישורים וסמני מיקוד, לבין Brand colors שמוחלים על כפתורים ראשיים ומשניים.
בחנות עברית עם RTL חשוב לוודא שצבעי ה-Accent נראים ברורים גם כשטקסט מיושר לימין — בעיקר בקישורי ניווט בתפריטים ובשדות טופס בקופה. שינוי ב-Global colors מתפשט גם לתוספי Checkout Blocks ואפליקציות שמשתמשות ב-theme app extension, כך שעדכון פלטת המותג מחייב בדיקה מקיפה של כל עמודי הקופה ולא רק עמודי החנות.