Shopify Payments היא מערכת הסליקה הפנימית של Shopify, המאפשרת לסוחרים לקבל תשלומי כרטיס אשראי בלי ספק סליקה חיצוני. תהליך ההגדרה כולל מספר שלבים: הזנת פרטי הישות העסקית (עוסק מורשה, חברה בע"מ), העלאת מסמכי אימות זהות, חיבור חשבון בנק להעברת כספים, והגדרת אמצעי תשלום כמו Visa, Mastercard, Apple Pay ו-Google Pay. כל אחד מהשלבים נבדק על ידי Shopify לפני שהסליקה מופעלת.
נכון לכתיבת שורות אלו, Shopify Payments אינה זמינה בישראל — סוחרים ישראלים נדרשים לחבר ספק סליקה חיצוני כמו Hyp (היפ), Cardcom (קארדקום) או PayPlus דרך ממשק Payment Providers של שופיפיי. המשמעות היא עמלת עסקה נוספת של Shopify בנוסף לעמלת חברת הסליקה, אלא אם מדובר בפלאן Shopify Plus עם תנאים מיוחדים.