Shopify לא תומכת בקריפטו ישירות דרך Shopify Payments, אלא דרך מנגנון ה-Additional Payment Methods — כלומר ספק חיצוני שמחבר את הארנק הדיגיטלי לתהליך הקופה. הלקוח בוחר לשלם בביטקוין, אית'ריום או מטבע אחר, מועבר לחלון ספק התשלום, ולאחר אישור הבלוקצ'יין ההזמנה נרשמת בחנות כרגיל.
בחנות ישראלית קבלת קריפטו מציבה שאלות רגולטוריות: רשות המסים מתייחסת למטבעות קריפטוגרפיים כנכס לכל דבר, ולא כמטבע חוץ, כך שמכירה שנעשית בקריפטו עשויה להיחשב כעסקת חליפין החייבת בדיווח נפרד. לפני שמפעילים אמצעי תשלום זה בחנות, מומלץ לקבל עמדת רואה חשבון לגבי התיעוד ומע"מ.