ב-Shopify קבצי CSV הם הכלי המרכזי להעברת מידע בכמות גדולה פנימה והחוצה מהחנות. ייצוא מוצרים מייצר CSV עם עמודות מוגדרות כמו `Handle`, `Title`, `Variant SKU`, `Variant Price` ו-`Tags` — מבנה קשיח שאם מפרים אותו בעת ייבוא חוזר, שורות שלמות נדחות בשקט. לייבוא לקוחות או מוצרים מחנות אחרת (או ממערכת ERP), חייבים למפות את העמודות של המקור לפורמט המדויק שמצפה לו שופיפיי.
בחנות ישראלית יש שני מוקשים נפוצים עם CSV: קידוד (encoding) ו-RTL. קבצי CSV שנפתחו ונשמרו מחדש ב-Excel בגרסה עברית לעיתים קרובות מקבלים קידוד Windows-1255 במקום UTF-8, מה שגורם לתווים עבריים להופיע כשגיאות בעת הייבוא לשופיפיי. תמיד יש לוודא שמירת CSV בקידוד UTF-8 עם BOM, ולבדוק שורת דוגמה אחת לפני ריצה על אלפי שורות.