Custom code מתבטא ברמות שונות: עריכת Liquid בתבנית (Online Store → Themes → Edit code), כתיבת Shopify Function ב-Rust (לוגיקה בקופה), הוספת JavaScript דרך Custom pixel events, או יצירת Custom app. כל רמה דורשת מיומנות שונה.

בחנות ישראלית, Custom code שווה רק כש: יש בעיה שאפליקציה לא פותרת, יש מפתח שמכיר את הקוד, יש תקציב לתחזוקה לאורך זמן. סוחר שלא טכני שמזריק Custom code מבלי להבין = לרוב שובר משהו. עדיף להתחיל מאפליקציה מוכנה ולשדרג ל-Custom רק כשנדרש.