ב-Shopify POS וב-Draft Orders ניתן להוסיף Custom discount לפריט בודד או לכל העגלה: הקופאי/מנהל מזין ידנית סכום או אחוז ומוסיף נימוק (reason). ההנחה נרשמת בהזמנה כ-line item discount נפרד, גלוי בדוחות ובאדמין, אך לא קשורה לקוד קופון, לחבר מועדון או לכלל תמחור אוטומטי — היא פעולה חד-פעמית לפי שיקול דעת.
הסכנה בהנחה מותאמת היא שהיא מסתירה בעיות מבניות: אם קופאי נותן אותה שוב ושוב על מוצר מסוים, כנראה שיש אי-התאמה במחיר בין Markets, בין מחירון ה-POS לאתר, או בין מחיר רשום לתווית מדף. בחנויות עם מספר עובדים כדאי להגביל הרשאת Custom discount לתפקיד מנהל בלבד, ולבדוק בדוחות תקופתיים אם יש דפוס חזרתי.