בניגוד להנחות הרגילות (קוד קופון, הנחת אחוז, קנה X קבל Y) שמוגדרות ב-Admin, Custom discounts מיושמות דרך Shopify Functions — קוד שרץ ישירות בתשתית של Shopify בזמן ה-Checkout ומחשב אם ועד כמה להוריד מחיר. ההנחה יכולה להיות ברמת ההזמנה כולה, ברמת מוצר ספציפי, או ברמת המשלוח, בהתאם לסוג הפונקציה שנכתבה.
בחנות ישראלית Custom discounts שימושיות במיוחד לתרחישים כמו: הנחת כמות דינמית ("קנה 3 שלם 2 בקטגוריה X"), הנחות B2B לפי תג לקוח, או הנחת משלוח לפי איזור גיאוגרפי שמוגדר ידנית. חשוב לדעת שפונקציות אלו דורשות Shopify Plus או חבילה עם גישה ל-Functions, ושהן נכתבות ב-Rust או JavaScript ומועלות דרך Shopify CLI.