בהקשר של Checkout Blocks, Customization שונה מבלוק תוכן רגיל: במקום להציג מידע ויזואלי בלבד, היא מתערבת בבחירות הפעילות של הלקוח — למשל מסתירה משלוח אקספרס ללקוחות שמענם רחוק, חוסמת תשלום במזומן לעגלות מעל סכום מסוים, או קובעת שיטת משלוח ברירת מחדל לפי ארץ. ההתאמות פועלות דרך Checkout Functions שרצות בצד שרת של Shopify לפני שהלקוח רואה את אפשרויות הקופה.
בחנות ישראלית כדאי לגשת להתאמות בזהירות: הסתרת אמצעי תשלום עשויה להפחית המרה אם נעשית בצורה גסה מדי, וחסימת שיטות משלוח עלולה להתנגש עם הגדרות Shipping profiles קיימות. כל Customization רגישה (הסתרה, חסימה, שינוי ברירת מחדל) חייבת להיבדק בהזמנת בדיקה אמיתית ולתעד את התנאי המדויק שמפעיל אותה.