ב-Shopify קיימות שתי פעולות שונות שמכונות לעיתים "כיבוי": Pause (השהיה) ו-Deactivate (סגירה). השהיה מעבירה את החנות לתוכנית Pause & Build בעלות מופחתת — החנות לא זמינה לרכישה אבל האדמין נגיש. סגירה היא פעולה סופית שמוחקת את החנות לאחר תקופת גרייס, מבטלת את כל האפליקציות, ומפסיקה חיובים עתידיים. בשתי הפעולות כדאי לבדוק את מחזור החיוב הנוכחי לפני האישור — חיוב שכבר התחיל לא יוחזר.
לפני ביצוע Deactivate בחנות ישראלית חשוב לוודא: ייצוא של כל הנתונים (מוצרים, לקוחות, הזמנות) לקובץ CSV, ביטול מנויים חיצוניים שמחוברים לחנות (אפליקציות, SMS, ספק ERP), שמירת access tokens שנוצרו לאינטגרציות, ובדיקה שמסמכי חשבוניות מס רלוונטיים הוצאו כחוק לכל הזמנות שבוצעו.