הגדרות החנות הן השכבה הבסיסית שעל גביה רץ כל שאר הפעולות בחנות: מחיר שמוגדר בשקל מסתמך על הגדרת המטבע, מס קנייה שמחושב בקופה תלוי בהגדרות Taxes, ואפשרויות המשלוח שהלקוח רואה נגזרות מהגדרות Shipping profiles. בניגוד לתכנים (מוצרים, קולקציות, עמודים) שניתן לייצא ולייבא ב-CSV — הגדרות החנות אינן ניתנות לייצוא אוטומטי ויש לשחזר אותן ידנית בכל שכפול חנות או מעבר לחשבון חדש.
בחנות ישראלית הגדרות החנות הן המקום שבו מגדירים מע"מ (17%) על פי חוק, מטבע ש"ח, פורמט תאריך ישראלי, כתובת עסק ישראלית לצורך חשבוניות, וספקי סליקה מקומיים. כדאי לתעד את ההגדרות הללו בקובץ חיצוני — בעת פתיחת חנות בדיקה (development store) או שכפול, לא תהיה ברירה אלא להגדיר אותן מחדש אחת אחת.