ב-Shopify POS ניתן לקבוע מראש אילו שיטות תשלום יוצגו כברירת מחדל לצוות בנקודת המכירה: כרטיס אשראי, מזומן, המחאה, שובר מתנה, תשלום מפוצל ועוד. הרשימה מוגדרת ברמת המיקום (location) ומאפשרת להסיר שיטות שאינן רלוונטיות לחנות ספציפית — למשל, חנות שאינה מקבלת מזומן כלל יכולה להסיר את האפשרות ולמנוע בלבול אצל הצוות.
בחנות ישראלית עם POS חשוב להתאים את הרשימה לשיטות שספק הסליקה המקומי (כגון פאי, גרין-אינווייס, או מסופי Shopify Payments) תומך בהן, ולקבוע במקביל את הגדרות ה-Customer receipt selection ואת השדות הנדרשים בקופה — כמו אימייל לחשבונית, טלפון לאחריות, או אישור עובד לעסקאות עם הנחה.