קבוצות משתמשים ב-Shopify מאפשרות לנהל הרשאות גישה לאדמין בצורה מרוכזת — במקום להגדיר roles לכל משתמש בנפרד, מגדירים קבוצה ומשייכים אליה משתמשים. כשמוחקים קבוצה, Shopify מסירה אוטומטית את כל ה-roles וה-store assignments שהגיעו מאותה קבוצה מכל המשתמשים המשויכים — אפילו אם מדובר בעשרות אנשים בבת אחת.
בחנויות עם מספר חנויות תחת ארגון אחד (Shopify Organization) כדאי להיזהר במיוחד לפני מחיקת קבוצה: משתמש שקיבל גישה לחנות A ולחנות B דרך אותה קבוצה יאבד גישה לשתיהן מיד עם המחיקה. מומלץ לבדוק תחילה אילו משתמשים שייכים לקבוצה ולוודא שיש להם מקור הרשאה חלופי לפני שמוחקים.