לכל חשבון צוות ב-Shopify מוצמד תפקיד שקובע אלו חלקים של ה-Admin נגישים לו: הזמנות, מוצרים, לקוחות, דוחות, הגדרות תשלום ועוד. בעל החנות (Store owner) הוא התפקיד הבכיר היחיד שאי אפשר להסיר או להגביל — הוא גם היחיד שיכול לבצע העברת בעלות (Change ownership) ולגשת לחיוב. שאר התפקידים ניתנים להתאמה חופשית מתוך Settings → Users and permissions.
בחנויות ישראליות עם צוות מגוון (מחסנאים, שירות לקוחות, מנהלי תוכן) כדאי להגדיר תפקידים מינימליים לפי עיקרון ה-least privilege: מחסנאי צריך גישה למלאי אבל לא לדוחות פיננסיים, ומנהל תוכן צריך עריכת מוצרים אבל לא גישה לפרטי לקוחות. הגדרה נכונה מפחיתה חשיפה לנתונים רגישים ומונעת שגיאות אדמין בלתי הפיכות.